U mužov je priebeh ochorenia väčšinou typický. Inkubačný čas, teda obdobie kedy je možné od infekcie pozorovať príznaky je od 3-7 dní. Môže to byť ale aj 6 hodín až 14 dní. V začiatkoch môže muž pozorovať začervenanie ústia močovej rúry a neskôr sa objavuje veľmi typický hnisový často masívny výtok z močovej rúry. Výtok sprevádza pálenie a rezanie pri močení. Ak sa nelieči kvapavka v tomto štádiu, postupne v priebehu 3-4 týždnov prechádza ochorenie do chronického štádia, kedy sa už neobjavuje výtok z močovej rúry, ale iba typická ranna kvapka hnisu. Iba 10 % mužov prebehne kvapavka bez príznakov.
U žien je častejší bezpríznakový priebeh infekcie. Príznaky sú často iba mierne, nenápadné. Objavujú sa po približne týždni. U žien býva často súčasne infekcia močovej rúry a krčka maternice. Pri nerozpoznaní kvapavky a neliečení sa môže infekcia šíriť na maternicu, vajíčkovody a ďalej do malej panvy. V dôsledku chronického zápalu vznikajú zrasty v malej panve, ktoré sú častou príčinou neplodnosti, bolestivej menštruácie a dalších chronických problémov. Až u 50 % žien prebieha kvapavka v začiatočných štádiách bez príznakov!